یکی
از خطرات استفاده از فروشگاه‌های غیررسمی آیفون، احتمال دانلود برنامه‌های
مخرب یا ناامن است. البته اپل همه‌ی برنامه‌ها را از طریق ترکیب فرایندهای
خودکار و بازبینی اولیه‌ی انسانی بررسی می‌کند؛ با این‌حال غول فناوری اهل
کوپرتینو می‌گوید این فرایند به‌ اندازه‌ی فرایند بررسی برنامه‌ها در اپ‌
استور کامل نخواهد بود.

بر اساس
اعلام شیلر، خطر دیگر هنگام استفاده از فروشگاه‌های غیررسمی آیفون این است
که قوانین سخت‌گیرانه‌ی اپ استور در مورد محتوای اعتراض‌آمیز احتمالاً در
آن فروشگاه‌ها اعمال نخواهد شد.

شیلر
در مورد مجاز شدن فروشگاه‌های غیررسمی به خطرات دیگری مثل حریم خصوصی و
امنیت کاربران و توسعه‌ دهندگان اشاره کرده است؛ خطراتی که از نصب نرم‌افزار
توسعه‌د هندگان ناشناس پدید می‌آیند، زیرا آن‌ها می‌توانند الزامات خاص
توسعه‌ دهندگان اپل را رعایت نکنند.

از
نظر شیلر، توزیع برنامه‌های کلاهبرداری، قرارگیری در معرض محتوای
غیرقانونی، اعتراض‌آمیز و مضر از دیگر مشکلات احتمالی استفاده از
فروشگاه‌های غیر از اپ‌ استور روی آیفون است که خطر کلاهبرداری و
سوءاستفاده را نیز افزایش می‌دهند